喜歡孤獨的少年・流竜馬有一天，因為異形怪物「不進化体」的襲擊，導致他的同班同學慘遭殺害，學校也被摧毀。在這時，神秘的老人・早乙女博士出現，引導他駕駛ゲッターロボ。竜馬與同為ゲッターロボ駕駛員的神隼人・巴武蔵一同投身於戰鬥中。
在與不進化体戰鬥的過程中，竜馬他們逐漸了解到，這個世界是一個虛擬世界，而他們自己也是被創造出來的存在。