某日，習慣獨來獨往的高中生流龍馬，突然遭遇來自異界的怪物「不進化體」襲擊。眼見同學慘遭殺害，龍馬在憤怒之中接受神秘人物早乙女的引導，登上名為「蓋特機器人」的巨大機體，成功擊退怪物。 之後，龍馬加入了早乙女研究所，並在那裡結識了同樣身為蓋特小隊成員的神隼人與巴武藏。他也逐漸得知，真正的敵人是強大且未知的存在——蓋特皇帝。從此，一場關乎人類未來命運的戰鬥正式揭開序幕。
