公元2010年，地球上的人類一邊忙於開發新的勇者機器人，一邊也著手重建 GGG。然而，以 獅子王凱 為首的勇者們至今仍未歸來。在這樣的情況下，原本反對 Z計畫（プロジェクトZ / Project Z） 的部分人士，為了能夠盡早迎接勇者們的歸來，轉而開始支持該計畫，於是 Z計畫（プロジェクトZ） 正式啟動。
人類最終取得了那被稱為「禁斷之果」的力量——那是本不應觸碰的事物。隨之而來的，是從天而降的巨大懲罰，其名為 「霸界王」。
就在 Z計畫 即將啟動的前夕，木星 發生了強大的電磁場爆發，並直接衝擊地球圈。這個被稱為 「無形爆發（Invisible Burst／インビジブル・バースト）」 的現象，使世界各地遭受巨大災害，Z計畫 也因此被迫中斷。
時間流逝，來到 西元2016年。成為新生 GGG 機動部隊隊長的天海護，將行動目標指向 木星……
那正是 人類、進化人（Betterman／ベターマン）、霸界王——三方生死決戰的序幕！
