公元2010年,地球上的人類一邊忙於開發新的勇者機器人,一邊也著手重建 GGG。然而,以 獅子王凱 為首的勇者們至今仍未歸來。在這樣的情況下,原本反對 Z計畫(プロジェクトZ / Project Z) 的部分人士,為了能夠盡早迎接勇者們的歸來,轉而開始支持該計畫,於是 Z計畫(プロジェクトZ) 正式啟動。
人類最終取得了那被稱為「禁斷之果」的力量——那是本不應觸碰的事物。隨之而來的,是從天而降的巨大懲罰,其名為 「霸界王」。
就在 Z計畫 即將啟動的前夕,木星 發生了強大的電磁場爆發,並直接衝擊地球圈。這個被稱為 「無形爆發(Invisible Burst/インビジブル・バースト)」 的現象,使世界各地遭受巨大災害,Z計畫 也因此被迫中斷。
時間流逝,來到 西元2016年。成為新生 GGG 機動部隊隊長的天海護,將行動目標指向 木星……
那正是 人類、進化人(Betterman/ベターマン)、霸界王——三方生死決戰的序幕!