故事講述在「風林火山篇」一役中，由於「八絃之陣」影響下，穿越時空、回到過去的荒烈驅主，正在思索身處何方之際，遇見正在尋找「地之鎧」主人的鳳凰、雷頑馱無兄弟。此時，「地之鎧」從木箱中跌下，更裝在荒烈驅主身上，令其成為「新荒烈驅主」。原本歷史上不曾出現的「天雷地」三武將，因為荒烈驅主出現，而得以集合。歷史，自此發生翻天覆地的改變。
三武將既然齊集，鳳凰變成「初代大將軍」，為尋找更強力量，大將軍與雷頑馱無兩人，到各地尋找傳說中的「四獸王」——獅、隼、龍、犀頑馱無。千辛萬苦之下終於集齊四件神器。
大戰過後，新荒烈驅主認為已消滅黑魔神，決定返回未來（新荒烈驅主本來的時空）。百之進根據神秘繪卷設計圖所示，製作能穿越時空的武器「武者璽威武裝」。他亦乘此離開。
然而，當新荒烈驅主到達後，發現天地城殘破不堪，到處死寂荒涼。此時，作為自己影武者的「影荒烈驅主」前來，表明身份後，向他講述自己回到過去期間、黑魔神被打敗，非但沒有帶來和平，頑馱無軍團更加被闇軍團打敗，三代目大將軍戰死的事情，並帶其到大將軍墓前。新荒烈驅主悲慟不已，為著徹底改變歷史，決定再次乘坐「璽威武裝」，回到過去，以集合二代目、三代目大將軍，協助初代大將軍。
另一方面，被打敗的黑魔神，亦穿越未來，更與之合體，變成「黑魔神闇皇帝」。兩大魔頭聯手，初代大將軍陷於苦戰。為挽回戰局，四獸王將力量傳送予初代大將軍，使之巨大化。然而仍無法消滅黑魔神闇皇帝。
正在頑馱無軍團處於下風時，吸取頑馱無結晶而變成大將軍（四代目大將軍）的新荒烈驅主，與二代目、三代目大將軍趕至。最後四大將軍齊集，將黑魔神闇皇帝消滅。自此歷史改變，天下統一，頑馱無軍團、時隱之國合併，「天宮之國」成立。
