2006年、世界は原因不明の大量自殺・殺戮行為を引き起こす「アルジャーノン」と呼ばれる怪奇現象に冒されつつあった。 ジオフロント型地下遊園地「ボトム・ザ・ワールド」で、開園セレモニーの準備中謎の大量死亡事故が発生。対アルジャーノン研究組織「モーディワープ」の都古麻御は、この事故をアルジャーノンが原因と断定する。時同じくして蒼斧蛍汰は閉鎖されているはずの「ボトム・ザ・ワールド」の事故現場に偶然入り込んでしまう。彷徨う内に巨大メカ（ニューロノイド）「覚醒人1号」と遭遇。その操縦席には、蛍汰の幼馴染である彩火乃紀が搭乗していた。 覚醒人のもう1人のパイロットであるカクタスが突如出て行ったことで搭乗者が2人一組で無ければならず、立ち往生していた。そこへ暴走したアトラクション用ロボット達が襲い掛かる。なりゆきで操縦席に乗り込んだ蛍汰はパイロットとなり、アルジャーノンの調査を行うこととなる。