2006年，世界正逐漸被一種引發集體自殺與殺戮行為的神祕疾病——「阿爾吉儂（アルジャーノン）」所侵蝕。
某日，在地底都市型遊樂園「Bottom the World（ボトム・ザ・ワールド）」準備開園典禮期間，突然發生大規模的死亡事故。與警方共同展開調查的「阿爾吉儂研究調查機構（モーディワープ，Mordywarp）」成員都古麻御斷定，這起事件的原因正是阿爾吉儂所引起。
同一時間，蒼斧螢汰（蒼斧蛍汰）偶然闖入了理應封鎖中的「Bottom the World」。在徘徊之際，他邂逅了一台巨大的人型機械——感應機器人（ニューロノイド）「覺醒人1號（覚醒人1号）」。而在那台機體的駕駛艙中，竟坐著他幼時分離的青梅竹馬——彩火乃紀，她以「腦潛者（ヘッドダイバー）」的身份進行操縱。
此時，「覺醒人1號」因搭檔腦潛者卡克塔斯（カクタス）神秘失蹤而陷入停滯狀態。就在這時，暴走的遊樂設施用機器人大舉襲來。情急之下，螢汰被迫進入操縱艙，與火乃紀一同駕駛覺醒人1號擊退機器人群。
之後，為了逃離「Bottom the World」，螢汰決定協助火乃紀展開對失蹤的卡克塔斯的搜尋行動。
