2006年，世界陷入一種名為「阿爾吉儂」的神秘現象，導致大規模的原因不明自殺和殺戮行為。在地下遊樂園型基地「底世界」，在開幕典禮的籌備中，發生了一起謎樣的大規模死亡事故。對阿爾吉儂的研究組織「モーディワープ」的研究員都古麻御斷定這起事故是由阿爾吉儂引起的。與此同時，蒼斧蛍汰卻在應該封閉的「底世界」事故現場偶然闖入。在徘徊的過程中，他遇到了一個巨大的機器（神經機器人）「覺醒者1號」。在操縱艙中，是蛍汰的青梅竹馬彩火乃紀。由於另一名覺醒者的駕駛員仙人掌突然離開，需要有兩人一組才能駕駛，他們陷入了僵局。就在此時，暴走的娛樂用機器人襲來。在情勢所迫下，蛍汰不得已爬上操縱艙，成為駕駛員，開始進行阿爾吉儂的調查。
