2006年、世界は集団自殺・殺戮行為を引き起こす「アルジャーノン」と呼ばれる原因不明の奇病に冒されつつあった。
そんな中、ジオフロント型地下遊園地「ボトム・ザ・ワールド」で、開園セレモニーの準備中、謎の大量死亡事故が発生。警察と共に調査に訪れたアルジャーノン調査研究機関「モーディワープ」の都古麻御は、この事故をアルジャーノンが原因であると断定する。同じ頃、蒼斧蛍汰は閉鎖されているはずの「ボトム・ザ・ワールド」に偶然入り込んでしまう。彷徨ううちに巨大な人型メカ（ニューロノイド）「覚醒人1号」と遭遇。その操縦席には、幼い頃に別れた幼馴染の彩火乃紀がヘッドダイバーとして搭乗していた。
パートナーのヘッドダイバーであるカクタスが突然行方をくらまし、立ち往生していた覚醒人1号。そこへ暴走したアトラクション用ロボット達が襲い掛かる。なりゆきで覚醒人1号の操縦席に乗り込んだ蛍汰は、火乃紀と共に覚醒人1号でロボット達を退ける。蛍汰は「ボトム・ザ・ワールド」から脱出するため、火乃紀に協力し、行方をくらましたカクタスの捜索を行うことになった。
