自從『鋼鐵吉克』過後的50年後的2025年。九州全域遭到50年前發生的謎霧所覆蓋著。 而在接近九州的下關再次出現了哈尼瓦幻神（げんじん）。於是由高中生兼賽車選手的草薙劍兒成為鋼鐵神吉克的駕駛並且和青梅竹馬的珠城樁和好友美角鏡一起加入Build Base而要對抗蘇醒過來的妃魅禍所率領的邪魔大王國。