武者頑駄無（ﾑｼｬｶﾞﾝﾀﾞﾑ）們竟然來到了現代日本！為了追捕侵略天馬國以奪取強大力量「天馬（ﾍﾟｶﾞｻｽ）の国沈没エネルギー」的堕悪闇軍団（ﾀﾞｰｸﾔﾐｸﾞﾝﾀﾞﾝ），正義的武者頑駄無們到達的地方竟是2001年的日本！比敵人早來了半年的武者丸在大阪遇到了一位學習做章魚燒的少年ススム，並開始致力於成為日本第一的章魚燒師傅。而武者丸的戰友斗機丸（ﾄｷﾏﾙ）和鎧丸（ﾖﾛｲﾏﾙ）也各自適應了日本的生活，過著全新的人生。
就在此時，由堕悪魔刃頑駄無（ﾀﾞｰｸﾏｼﾞﾝｶﾞﾝﾀﾞﾑ）領導的堕悪闇軍団接連出現在日本。為了保護珍貴的朋友、同伴以及日本人民，武者丸們重新找回了他們的武者魂（ﾑｼｬﾀﾞﾏｼｲ），勇敢地迎戰。但隨著戰鬥愈演愈烈，武者丸們陷入了苦戰。更糟的是，曾是他們同伴之一的紅零斗丸（ｸﾞﾚｰﾄﾞﾏﾙ）變成了惡的化身，突然襲擊了他們！
究竟，武者丸們能否與分散在全國各地的武者頑駄無們聯合起來，打敗堕悪闇軍団呢……!?