在與新吉翁族戰鬥三年後，萬能騎士鋼彈GP01在巡邏時，在森林中發現了一位失憶的騎士。幾天後，重魔騎士アトミックガンダム率領的デラーズ国軍隊襲擊了達巴德王國。アトミックガンダム的目標正是神秘的騎士新鋼彈。
六體的機甲神
雖然達巴德王國陷入困境，但在新鋼彈和神秘機兵エルガイヤー的幫助下，成功擊退了デラーズ軍。感覺到「6」是擊敗デラーズ軍的關鍵，GP01與ネオ一起尋找「6」的線索。
運命の三騎士
在尋找最後一體機甲神的過程中，ネオ被神秘機甲神カオスガイヤー襲擊。其操縦者是被洗腦的ネオ的兄弟月神鋼彈。另一方面，デラーズ軍正侵入達巴德王國。カオスガイヤー重創新鋼彈和エルガイヤー並與其他五體機甲神合體成為ガンジェノサイダー。
光的超機甲神
ネオ在命運的三騎士覺醒的幫助下成功擊敗カオスガイヤー。但在戰鬥中受傷的五體機甲神飛走了。隨後，在赤い月之夜，デラーズ軍開始了對達巴德王國的總攻擊。被分隔的新鋼彈和命運的三騎士突入了天空魔城ゲルニカ。
