在拉戈爾地區的達巴德王國，遭到新吉翁族的機兵軍團襲擊。得知這一慘況的國王鋼彈II世，派遣灼熱騎士F91和銀騎士比基納·吉娜前往達巴德王國。同時，妄圖奪取傳說中的聖機兵鋼雷克斯的新吉翁族，計劃讓聖機兵復活，侵入王家的谷地，並對位於盧加西村的達巴德王國騎士鋼彈GP01和GP02發動攻擊。シーブック帶來的鳴動裝備和セシリー的咒文使聖機兵復活，達巴德與新吉翁的戰鬥進入新的階段。
聖機兵VS機兵軍團
被選為聖機兵鋼雷克斯操控者的騎士鋼彈GP01。不想讓這台機器逃脫的新吉翁族，遭到達巴德王國的妮娜女王發動的攻勢。然而，在邪惡機兵ザマレド・マンサー的猛烈攻擊下，鋼雷克斯陷入困境。新吉翁族發起大規模攻勢，達巴德王國面臨危機。此時，鋼雷克斯獲得幻獸吉格里夫賜予的白金盾，擊敗ザマレド・マンサー。但達巴德城卻已遠離戰場，被大火吞噬。
另一台聖機兵
達巴德撤退至阿瑪塔地區，拉克羅亞騎士團趕到，成為達巴德的有力盟友。進一步獲悉在蓋亞大洞存在另一台聖機兵的消息。GP01駕駛鋼雷克斯緊急前往蓋亞大洞。在那裡，新吉翁族挖掘出聖機兵路雷克斯，並已做好戰鬥準備。鋼雷克斯與路雷克斯的戰鬥看似鋼雷克斯佔上風，但被路雷克斯放出的光芒吞沒，鋼雷克斯消失無蹤。
真聖機兵誕生
新吉翁族的侵攻使多國遭到毀滅。為了起死回生，以達巴德為中心的聯軍，獲得布里提斯王國的圓桌騎士和拉克羅亞騎士團的支持，決定直接攻擊新吉翁的本拠地。一方面，被傳送至異空間的騎士鋼彈GP01，通過與超級龍的超融合獲得新的力量，使鋼雷克斯進化成真聖機兵。然而，新吉翁族總帥ジークカロッゾ與路雷克斯的殘骸融合，成為邪神機兵路雷卡羅索，阻擋鋼雷克斯的去路。面對能吸收一切能量的邪神機兵，鋼雷克斯發出決死的一擊。
