第2の使徒・リリス

NERV本部の地下、L-EEE（レベルトリプルE：扉にセントラルドグマとの表記）に安置されている白い巨人。最後まで使徒とは断言されなかったテレビシリーズと異なり、当初より第2使徒、または「リリス」として紹介されており、また「地球の生命の始まりであり、終息の要である」という旧劇場版で初めて明かされた真実もこの段階でミサトからシンジに告げられている。デザインはテレビシリーズとほぼ同様であるが、仮面は第4の使徒の顔と似たもの。胸には人類が調査をした跡である傷があり、ロンギヌスの槍の他にも複数の十字架が刺さっている。