EVANGELION Mark.06

由使徒渚薰駕駛，SEELE稱之為「真正的EVA」，冬月耕造則稱Mark.06為「真正的神」，外裝與初號機有少許接近，頭上有角及光環，塗裝為藍色，眼睛由紅色V字型眼罩遮蓋，底下的眼睛也和初號機相似。在「序」「破」的預告中稱為EVA6號機，但劇中均以Mark.06稱之。具有與初號機覺醒後相同的光環，還有著飛行能力。

Mark.06由SEELE在月球基地建造，似乎是把月球上戴著近似七目耶和華之眼（即TV版的莉莉絲面具）的白色巨人安裝EVA的外裝打造而成。
《福音戰士新劇場版：破》終盤，渚薰駕駛Mark.06自空中投出卡西烏斯之槍擊穿初號機中止擬似第三次衝擊。

在《福音戰士新劇場版：Q》中，是以被加持阻止的第三次衝擊時的狀態出現，Mark.06與莉莉絲的無頭身體融合，兩把長槍貫穿身體，根據渚薰的說法，當時已經改造為遠端操作型。

13號機拔出兩支朗基努斯之槍後，莉莉絲的頭顱和身體爆炸，Mark.06恢復原貌，藏於體內的第12使徒甦醒；改2號機和8號機未能阻止Mark.09砍下Mark.06的頭部釋放第12使徒。之後13號機吞噬第12使徒，令第13號機變為疑似神化形態，從而引發第四次衝擊。

在最終作於美里關於第三次衝擊的回憶中登場，在第三次衝擊中下半身與斷頭後的莉莉絲融合，手拎斬下的莉莉絲斷頭。加持良治犧牲自身結束第三次衝擊後，Mark.06與莉莉絲融合的姿態停留於中央大垂直溝最深處。