本體只有頭部、上半身和核心部分進行了再生與修復,並在劇情初期從歐洲NERV總部回收了J.A.-02的本體,之後與之半強制性結合,從而變成重型機器。動力爐則是直接利用了J.A.反應爐,突出於機體的背部,以延長運作時間。同時裝備了巨大的重型火器和背包。在劇中,於「大和作戰」開始前,與改8號機γ一同成型,並在前南極的NERV總部與Mark.07的大群進行戰鬥。利用腿部和背部的飛彈,以及改8號機γ接連投擲過來的武器進行迎擊,並與改8號機γ協同運用A.T.場阻止了像鑽頭般密集攻擊的Mark.07大群。在對第13號機發射強制停止信號插頭前,新2號機α的A.T.場受到干擾,為了突破這一阻礙,啟動了「裏代碼999(スリーナイン)」。此時,明日香取下了遮蓋左眼的眼罩,並從眼中抽出埋藏的小型使徒封印用詛咒柱,釋放了被封印的第9使徒的力量。進一步將使徒的血液——天使之血注入機體,使新2號機α覺醒並與使徒融合,從而強化。上半身的生物部分在機械部分中突破束縛,並使用A.T.場重組左臂,在巨大爆炸後,本體在膨脹中發光,使徒和EVA完成融合,變成拋棄人類形態的異形。此時,具有第9使徒特徵的長臂從背部生長出來,在新2號機的A.T.場被中和後,剛啟動的第13號機將其所有手臂吹飛,隨後爆炸並迅速萎縮,在取出進入塞裝置後被第13號機吸收,身體從頸部以下變成L.C.L.並崩解。最後,頭部被拋至Wunder的甲板上。在『破壞』中,獸化第2形態時的聲音是加工過的坂本真綾的聲音。