這是一部以SD鋼彈為主題的奇幻風冒險作品，講述騎士鋼彈與武者鋼彈活躍於異世界的壯大史詩。在南方大陸的札德帝國（ザード帝国）侵略戰爭落幕十年後，新的黑暗勢力再次覺醒，年輕的主角們將踏上繼承英雄意志的旅程。
第1卷
勒克羅亞王國（ラクロア王国）的見習騎士「麥因（マイン）」與摯友佛雷德（フレッド）一同以成為騎士為目標努力著。就在此時，早已滅亡的札德帝國再度發動侵略。在混亂中，麥因意外地駕駛了沉睡中的騎士鋼彈，並獲得其認可成為新任操縱者。然而在接連不斷的戰鬥中，麥因深刻體會到自身實力的不足，尤其是面對來自東方天宮的強者「勇座（ユウザ）」時，感受到巨大的差距。為了磨練自身，他踏上了武者修行之旅，尋找傳說中的機械船「獨角獸（ユニコーン）」。麥因與趕來追隨的佛雷德、青梅竹馬希爾菲（シルフィ）一同前往海因茲山（ハインツ山）尋找指引獨角獸所在之地的羅盤，但在那裡，勇座的兄長、如今已成為札德帝國將領的雷破（ライハ）正駐軍待命，三人陷入苦戰。
第2卷
在絕境中，麥因成功喚醒騎士鋼彈之力擊退敵軍，卻仍被奪走了羅盤的一半，而佛雷德也在探索過程中失蹤。勇座亦敗於雷破之手，對自己的無力感到挫敗。為奪回羅盤，麥因與勇座、忍者華月（華月）聯手，途中更獲得旅途中結識的友人蘭德（ランド）協助，試圖拯救被札德帝國洗腦的佛雷德。在麥因堅信朋友、決不放棄的信念感動下，勇座也改變初衷，共同喚醒武者鋼彈，成功解放佛雷德。然而當眾人試圖與雷破一決勝負時，札德王子「希姆（ヒム）」駕駛著光靈機「∀鋼彈」現身，企圖連雷破一同殲滅麥因與勇座。關鍵時刻，兩人靠著英雄機之力防住攻擊，並保護了雷破。最終，雷破將羅盤交予他們，兩人火速趕往被札德帝國侵略的勒克羅亞王國。戰後，騎士團長奧爾多（オルドー）戰死，他在臨終前告訴兩人：他們其實是札德帝國王子的親兄弟。
第3卷
十年前，奧爾多等人擊敗札德帝國前夕，曾與墜落的機械船「獨角獸」相遇。當時垂死的札德王妃瑪莎（マーサ）將兩名王子與兩台英雄機託付給他們。如今，為了解開真相，麥因一行人尋找隱藏的獨角獸，最終與宿於其中的瑪莎之魂相會，並得知札德王遭宰相凱奧斯（カイオス）操控，才導致十年前的大戰。麥因與勇座在得知真相後遭到被凱奧斯誤導、將兩人視為弒親仇人的希姆襲擊。兩人為拯救希姆，令鋼彈進一步進化為「真・英雄機」。在母親之靈的呼喚下，希姆開始產生動搖，選擇撤退卻遭凱奧斯囚禁。麥因等人則駕駛獨角獸直闖札德，途中遭砲擊墜落，不得不逐一攻略守衛札德城的四大要塞。他們突破南之砦後，分頭進攻北與東兩個據點。勇座與華月在東之砦中陷入由心魔造成的幻覺危機，幸得雷破及時現身救援。
第4卷
從雷破口中得知其曾在與勇座爭奪武者鋼彈時，即使已知兩人兄弟之情，也仍選擇正面決戰。這讓勇座消除了心中矛盾，成功擊破東之砦。另一邊，麥因與希爾菲在北之砦面對模仿過去敵將的魔像，以及被強行復活的四大守護機兵，戰況艱苦。然而麥因察覺他們其實不願戰鬥，憑藉內心的溫柔與信念，喚醒騎士鋼彈的力量解放他們，突破北方要塞。此時，來自勒克羅亞與天宮的援軍也攻陷了西之砦，最終，札德城的正門終於敞開。然而就在眾人即將挺進時，凱奧斯復活的惡魔機兵——惡魔鋼彈（デビルガンダム）現身。
第5卷
壓倒性的戰力令眾人束手無策，而驅動惡魔鋼彈的動力源，竟是被囚的希姆。麥因與勇座無法對希姆痛下殺手，又無力將其解救，最終英雄機也被摧毀。然而此時，修復完成的獨角獸趕到，在王妃瑪莎的幫助下，兩人成功救出希姆。在同伴們的援護下，麥因雖已傷痕累累，仍擊敗惡魔鋼彈——但其本體卻仍未停止運作。就在此時，被希爾菲所救的札德王向三位王子傳達遺言：藉由光靈機中蘊藏的毀滅力量反轉為希望，修復英雄機，並集合三王子的力量消滅最終黑暗。
三人合力召喚出光之力量，終於將惡魔鋼彈徹底消滅。戰後，和平再度回歸，各地的夥伴也各自守護著他們的家園。作為札德王國的真正王子，麥因、勇座與希姆肩負起重建世界的責任，他們深知，自己與眾人之間的羈絆，將永遠不會斷裂。
