自從武者頑駄無（ﾑｼｬｶﾞﾝﾀﾞﾑ）們與堕悪闇軍団（ﾀﾞｰｸﾔﾐｸﾞﾝﾀﾞﾝ）的戰鬥結束後的三個月，也就是2002年4月，日本的武者們之間開始流行一個主辦方不明的「武者バトル」。在這樣的一天，一位自稱若神丸（ﾜｶﾏﾙ）的新來的年輕武者如彗星般出現在武者バトル的會場，擊退了突然闖入的叛多亜武者（ﾊﾝﾀｰﾑｼｬ），取得了勝利。夢想成為強大武者的支持者的少年カツミ，誓言成為若神丸的第一個支持者，並開始為他加油。
在武者バトル中大放異彩的若神丸，突然收到來自頑駄無流師範（ｶﾞﾝﾀﾞﾑﾘｭｳｼﾊﾝ）的撃鱗将頑駄無（ｹﾞｷﾘﾝｼｮｳｶﾞﾝﾀﾞﾑ）和號號将頑駄無（ｺﾞｰｺﾞｰｼｮｳｶﾞﾝﾀﾞﾑ）的突然合宿命令。撃鱗将為了準備即將到來的與叛多亜武者的大戰，開始了地獄般的特訓，旨在培養代表天宮（ｱｰｸ）年輕一代的武者頑駄無流（ﾑｼｬｶﾞﾝﾀﾞﾑﾘｭｳ）的若神丸、裏頑駄無流（ｳﾗｶﾞﾝﾀﾞﾑﾘｭｳ）的斧雷丸（ﾌﾞﾗｲﾏﾙ）、時防流（ｼﾞﾎﾞｳﾘｭｳ）的覇利丸（ﾊﾘﾏﾙ）成為各流派的優秀代表。在這期間，號號将為了在日本封印的“不思議の鎧”而來，卻引來了眾多叛多亜武者對若神丸他們的襲擊。這成為了若神丸他們生命攸關的嚴峻試煉的開始。
若神丸他們能否加深彼此的聯繫，並一同克服接踵而至的重重試煉呢……!?