位於木星軌道上的宇宙站「木星X號（ジュピターX，Jupiter Ten）」內，存放著被稱為「GA（ジェネラルアンサー）」的數據群。這些數據重現了所有《鋼彈》系列作品的虛擬空間。
主人公雷歐斯·阿洛伊（レオス・アロイ）是一名「G潛行者」（Gダイバー），他肩負著拯救逐漸衰退、瀕臨滅亡的地球人類的使命。為了找到人類進化的關鍵，他進入各個GA數據世界，展開了一段穿越各個《鋼彈》系列世界的旅程。
與此同時，另一名G潛行者——ex-，卻因為私欲，不斷潛入數據世界，干涉並擾亂那些世界，以達成製造極限鋼彈（エクストリームガンダム）的野心。有時，他甚至會導致整個數據世界的崩潰。雷奧斯無法再對ex-的暴行坐視不理，於是多次在不同的數據世界中與ex-展開對決。
然而，隨著雷歐斯和ex-在各個鋼彈世界中旅行，並與多名駕駛員展開戰鬥，他們逐漸接近一個不僅動搖數據世界，甚至顛覆現實世界與他們自身存在的恐怖真相。
最終，雷歐斯與伊克斯的極限鋼彈之間，為了人類未來而展開的最終決戰拉開了序幕。
