木星軌道上の宇宙ステーション「ジュピターX（ジュピター・テン）」にある「GA（ジェネラルアンサー）」と呼ばれるデータ群。それは、全てのガンダムシリーズの世界が再現された仮想空間であった。
人類進化の鍵を探す「Gダイバー」である主人公のレオス・アロイは、文明の衰退を迎えつつある地球人類の滅亡を防ぐため、様々なGAデータにダイブして、ガンダムシリーズの世界を巡る旅に出る。
一方、もう一人のGダイバーであるイクスは、極限のガンダム（エクストリームガンダム）を製作したいという私欲のためだけにダイブを繰り返してはデータ世界に干渉し、時にデータ世界を崩壊させることさえあった。そんなイクスの横暴を見逃せなくなったレオスは、イクスといくつものデータ世界で再三対戦する。
だが、様々なガンダム世界を旅し、様々なパイロットとの戦いを繰り返すうちに、レオスとイクスはデータ世界だけではなく現実世界を、そして彼ら自身の存在をも揺るがす、恐るべき真実に直面する。
そして、レオスとイクスのエクストリームガンダム同士による、人類の未来を賭けた最終決戦が始まる。
