在侵略者伊魯米達斯占領下的地球，哈洛克（S-00999）、大山敏郎（S-00998）與艾梅拉達斯（X-00001）乘坐阿爾卡迪亞號脫逃，並以代號「SSX」被全宇宙通緝。在遭受伊魯米達斯軍攻擊的同時，他們與外星人拉·米美等夥伴一同展開旅程，尋找被他們視為理想鄉的「阿爾卡迪亞」。在這場戰鬥中，地球少年物野正、少女蕾薇、有紀螢，以及船醫蛮博士也加入了他們的隊伍。
另一方面，為了建造超越阿爾卡迪亞號的戰艦，伊魯米達斯地球占領軍命令年輕的天才科學家Z先生分析和調查阿爾卡迪亞號。於是，Z先生也踏上了旅程，目標同樣是阿爾卡迪亞。
