西元 2312 年，距離天上人與聯合國軍於 2307 年 展開大決戰已過去五年。此時，人類已建立起地球聯邦政府，並為了進一步促進國家間的統合與人類意識的統一，在地球聯邦正規軍之外成立了獨立治安維持部隊——「A-Laws」。其任務是以非人道的手段鎮壓所有對地球聯邦構成威脅的勢力、主義與思想，包括反地球聯邦國家、純源（Katharon）反抗組織，以及再度出現的天上人。
另一方面，為了履行與露意絲·哈利維的約定，沙慈·克洛斯羅德朝著成為太空工程師的目標努力前進，然而卻身不由己地被捲入了地球聯邦政府的改革與紛爭之中。
在此同時，於四年前最終決戰中倖存下來的剎那·F·塞耶，默默觀察著受到天上人影響而產生變革的世界。當年擊倒監視者亞歷漢卓·科納後，他曾夢想世界能因此迎來真正的和平，從此不再有任何紛爭。然而，眼前的現實卻是由A-Laws 所打造出的扭曲和平，整個世界陷入了一種歪斜的狀態。
面對這樣的局勢，剎那決心再度啟動能夠改變世界的力量——「鋼彈」，重新投入戰鬥
