『マブラヴ オルタネイティヴ』的正篇始於2001年10月22日，本篇故事則從約11個月前開始。故事以位於阿拉斯加的聯合國軍尤肯基地進行的先進戰術機技術開發計畫（突出計畫）實驗部隊為背景，描述了來自各國的測試飛行員和機械師展開激烈戰鬥的故事。
