UC0136年，前作大戰的三年後，托比亞和貝娜提等人依然駕駛著海盜鋼彈在地球圈活躍著。某日，他們從木星殘黨的追殺下救出一名妙齡女子歐羅芭，她正是貝娜提的繼母。歐羅芭指責貝娜提棄木星圈於不顧，並透露木星圈已被激進的雙胞胎兄弟光之卡利斯托和影之卡利斯托掌握，兩週後將發動「神雷計畫」，利用殖民衛星的雷射砲「神罰」對地球進行超長距離狙擊，配合地球自轉，一天內即可摧毀地表所有主要都市。
唯一能趕得上阻止計畫的方法是搭載光束帆的先鋒母艦，從地球前往木星僅需一週，但該母艦已沉沒。托比亞等人拜訪了研究同樣技術的S.N.R.I月面工廠，尋求S.N.R.I和鈴木稔指導的F99測試小隊的協助。鈴木稔確認F99確實能趕上時限，但僅憑現存的三臺F99戰力不足，至少需要七臺MS—由七位高手組成敢死隊才能達成任務。正熱議時，影之卡利斯托率領的木星特工來襲，F99產線與資料全毀，緊急應戰的F99小隊也全滅，僅剩德雷克一人倖存。
在失去所有可行方法的絕望之中，S.N.R.I提出一張疑似AE社光之翼MS「伊卡洛斯」突入大氣層的照片，為了抓住最後的希望，眾人往地球出發。
為了湊齊作戰所需的七位夥伴，托比亞拜訪了前木星軍死亡旋風隊隊員們。巴恩斯答應幫忙，吉理因與卡利斯托兄弟的私怨願意參加，喜愛暴力刺激的蘿絲瑪莉也爽快加入。最終在北美找到伊卡洛斯，其真身就是先鋒母艦的光束帆。途中影之卡利斯托多次阻撓，最終在眾人圍攻下力盡而亡。
決戰前夕，貝娜提和托比亞道別，決心在戰後回到不容許戰犯托比亞存在的木星圈，負起總統之女—提提妮絲的責任。經過一晚的苦惱，托比亞向貝娜提立下約定：疑惑的話就相信眼睛，托比亞沒辦法，但「我」一定會過去。
托比亞、歐羅芭、鈴木稔、德雷克、巴恩斯、吉理、蘿絲瑪莉七人乘著光之帆踏上征途。在目的地等著他們的是嚴陣以待的木星軍、駕駛專用機御駕親征的光之卡利斯托和影之卡利斯托生化腦。戰況極為慘烈，光之帆的奇襲和核彈攻擊均被擋下，蘿絲瑪莉重創，巴恩斯捨身掩護吉理而戰死，吉理的最後一搏將機體撞向神罰，犧牲生命換來不滿0.1度的角度偏差，讓地球逃過被第一射擊中的命運。
殘存的托比亞等人與卡利斯托兄弟死鬥。德雷克和鈴木稔合力擊殺影之卡利斯托，但鈴木稔重創，德雷克陣亡。托比亞完全捨棄防禦，將海盜鋼彈性能催至極限，終於擊敗光之卡利斯托，並和歐羅芭衝入神罰內部破壞鏡面達成任務。已經動彈不得的托比亞被瀕死的歐羅芭甩出神罰，消失在神罰爆炸的閃光之中。
翌年，提提妮絲重返木星圈，將父親遺產重整成財團，支撐著木星圈脆弱的經濟。一位臉型髮色膚色都和托比亞不同，卻為實現約定而來的失明青年卡提斯來到她的身邊……。
