奨学金を得て風華学園へ転入することになった鴇羽舞衣は、弟の巧海とともにフェリーで学園に向かう途中、漂流していた美袋命を助けたことをきっかけに、楯祐一や宗像詩帆と知り合う。楽しい船旅は、玖我なつきの突然の襲撃によって終わりを告げる。なつきの目的は命だったが、舞衣がその場に居合わせたことで、HiMEとしての能力が覚醒し、なつきの攻撃を防ぐ。覚醒を目の当たりにしたなつきは、舞衣に「学園には来るな」と忠告する。
忠告の意味を理解できないまま、舞衣は学園生活を楽しんでいたが、弟の巧海が謎の生物・オーファンに襲われているのを目撃し、HiMEとしての力で対抗しようとする。その時、炎凪が現れ、HiMEの守り神「チャイルド」を召喚するよう勧める。巧海を守るためチャイルドを召喚した舞衣に対し、凪は「チャイルドを持つなら、自分の大切なものを賭けることになる」と意味深な言葉を残す。
なつきは舞衣に対し、風華学園にはHiMEたちが集められていること、そしてその背後には「一番地」と呼ばれる国家機関が関わっていることを伝える。
HiMEの中には、突然目覚めた自らの力に戸惑う者もいた。日暮あかねは恋人の倉内和也に自分の秘密を打ち明け、倉内はその事実を受け入れるが、深優・グリーアの襲撃によってあかねのチャイルドが倒され、倉内は消滅してしまう。凪の言葉の意味、「一番大切なもの」とは、最も大切な“人”のことだった。
深優を擁するシアーズ財団は、アリッサ・シアーズを人工のHiMEとして創り出し、最強のHiMEが得るとされる力を奪おうと画策。軍事力で風華学園を制圧しようとするが、学園長・風花真白がHiMEたちを結集させ、シアーズ財団を退けることに成功する。
共通の敵を倒し、団結を深めたHiMEたちの前に、再び凪が現れ、「HiMEの真の目的は、オーファンとの戦いではなく、互いのチャイルドを倒し合い、最強のHiMEを選ぶことである」と告げる。動揺するHiMEたちの間に不信感が広がる中、真白と教師の杉浦碧は、争いを止めさせようと動くが、一番地の介入によりHiMEたちの気持ちはすれ違い、ついには仲間同士が争うよう仕向けられていく。
