宇宙の全てを手中に収めようとする宇宙帝国ザンギャックが、大艦隊を率いて地球に襲来。これに立ち向かったのは、これまで幾度も地球の平和を守ってきた34のスーパー戦隊であった。
激戦の末、34戦隊はザンギャックの大艦隊を撃退することに成功するが、その代償として戦う力を失ってしまい、その力は「レンジャーキー」と呼ばれる鍵に変化し、宇宙に散らばってしまう。この戦いは後に「レジェンド大戦」と呼ばれ、彼らは伝説の存在となった。
それから数年後。宇宙に眠るという「宇宙最大のお宝」を求めて、キャプテン・マーベラス率いる5人の宇宙海賊「海賊戦隊ゴーカイジャー」が地球に降り立つ。お宝探しを進めていた彼らだったが、再び地球侵攻を開始したザンギャックの行動に腹を立て、34戦隊のレンジャーキーを使い、勢いのまま戦いを挑む。
ザンギャックとの対立を覚悟しながらも、ゴーカイジャーは地球に留まり続ける。最初は正義や地球への思い入れなど一切なかった彼らだったが、地球の人々との交流や歴代スーパー戦隊のレジェンドたちとの出会い、そして地球人である伊狩鎧が「ゴーカイシルバー」として仲間に加わったことで、次第に地球を守る意味や価値を見出していくようになる。
しかしその裏では、ザンギャックから私掠許可を得て活動する宇宙海賊バスコ・タ・ジョロキアが暗躍していた。彼はかつてマーベラスが所属していた赤き海賊団を裏切り、壊滅に追いやった過去を持つ存在であり、今やスーパー戦隊の大いなる力を狙って、宇宙最大のお宝を我が物にしようとしていた。
