舞台は近未来の日本。立国高校に通う少年・才賀淳貴は、長らく行方不明だった父・巧の遺体が発見されたとの知らせを受け、母・林檎と妹・倉夏と共に、発見現場である「黒神山遺跡」へ向かう。
その遺跡の中で突如意識を失った淳貴は、夢の中で黄金に輝く巨人の姿を目にする。目覚めた淳貴の手には、神代文字が刻まれた腕輪が残されていた。
そしてその腕輪に呼応するかのように現れた謎の巨獣機がダムを破壊し、淳貴は濁流に飲み込まれてしまうが、その瞬間、謎の光が彼の体を包み込む。
同じ頃、黒神山からは現実世界に黄金の巨人が姿を現そうとしていた――。
