“汎銀河統一帝国”を名乗る謎の勢力「ウルガル」の襲撃により、地球は存亡の危機に瀕することとなった。
戦うために遺伝子操作で生み出された子どもたち――イズル、アサギ、ケイ、タマキ、スルガ、アンジュの6人から成る「チームラビッツ」は、最新鋭の戦闘デバイス「AHSMB（アッシュ）」を駆ってウルガルとの激戦に挑む。
やがてウルガルの拠点を叩く決戦で勝利を収めるも、イズルはその戦闘で重傷を負い、昏睡状態に陥ってしまう。仲間たちは戦闘母艦ゴディニオンで彼の回復を祈り続ける。
そんな中、ウルガル皇族の遺伝子を受け継ぐ存在・ディオルナが姿を現し、残存するウルガル部隊を率いて再び地球への侵攻を開始する。彼らの狙いは、ラビッツの母校であるグランツェーレ都市学園の地下に封印された“遺伝子”だった。
イズルの意識が戻らないまま、アサギは「イズルのぶんまで戦う」と誓いを立て、チームラビッツ、そして新型アッシュを操る「チームフォーン」と共に、最後の戦いへと挑んでいく。
