シーズン1
2035年の東京では、第三次流砂現象によって泥に沈んだ東部地域の復興が進められていた。そんな中、パワードスーツ「ウィルウェア」を用いた新たな凶悪犯罪が発生し始め、これに対処するため、警察庁警備局は吉祥寺分室に「第五特別公安課第三機動強襲室第八係」、通称「ダイハチ」を設立する。
ダイハチのメンバーは、多くの法的制約や組織内のしがらみに直面しながらも、知恵、勇気、そして巧みな話術を駆使して数々の事件を解決していく。しかし、彼らの捜査を通じて明らかになってきたのは、日本社会を混乱させようとする謎の集団「ロゴス」の存在だった。
やがてその正体は、少年ミュトスを中心とする少人数のグループであることが判明する。ミュトスはネットワークを駆使して、ダイハチだけでなく日本の政治基盤やライフラインまでも操る能力を見せ、国際的な軍事介入が懸念されるほどの危機を招く。
最終的には、ミュトスの悲しい過去を知ったダイハチの努力と、日本政府の超法規的措置により、ミュトスは投降。混乱はひとまず終息する。
シーズン2
東京では、サミット開催を控えて「宇宙エレベータープロジェクト」が急ピッチで進められていた。ダイハチはロゴスによる一連の事件を解決したことで、全国から注目を集める存在となる。しかし、ウィルウェアを悪用した犯罪は依然として続いていた。
メンバーの一部がチームを離れる一方、新たに個性的な仲間を迎えたダイハチの面々は、民間警察の支援も得ながら、引き続き凶悪事件へと立ち向かっていく。
事件の捜査を進める中で、海外に逃亡していたロゴスの一員・八条（コードネーム：バード）と、彼と結託する東京都知事でダイハチの旧知でもある稲城の存在が浮かび上がる。
一時は証拠不十分で逮捕を免れた稲城だったが、サミットの場でミュトスが彼の過去の犯罪を暴露し、ついに逮捕へと至る。直後、八条による人工衛星を使った大規模なテロが発生するが、ダイハチをはじめとする自衛隊や民間の協力によって衛星は破壊され、八条も逮捕。危機は回避され、再び平和が取り戻される。
