星歴2148年。サンマグノリア共和国は、隣国ギアーデ帝国が送り込んできた完全自律型の無人兵器「レギオン」に対抗するため、自らも無人兵器「ジャガーノート」を投入し、表向きには「流血なき戦争」を実現していた。
だが、その裏には、白系種と呼ばれる多数派民族による狂信的な差別思想が隠されていた。実際の「ジャガーノート」は無人ではなく、人として扱われない少数派民族が搭乗する「有人型無人機」だった。彼らは共和国の85行政区の外に追放され、「エイティシックス」と呼ばれながら、過酷な最前線で命をすり減らし戦わされていた。
そんな中、白系種でありながら軍内部で差別政策の撤廃を訴える士官、ヴラディレーナ・ミリーゼが登場。彼女は、数多くの退役者や自殺者を出し「死神」の異名を持つエイティシックスの部隊を管制する任務を任されることになる。やがて、彼女は自国が見て見ぬふりをしてきた「レギオン」に関する驚愕の真実に直面するのだった。
