西暦2061年。経済政策の失敗や少子高齢化により日本は破綻し、「北米同盟」「大ユーラシア連邦」「アジア自由貿易協商」「オセアニア連合」の4つの主要経済圏が経済援助と治安維持を名目に介入。やがて「境界戦」と呼ばれる国境紛争が勃発し、日本列島は4つの勢力に分割統治されることとなった。日本人は隷属国の民として抑圧された生活を強いられ、さらに日本の地は各経済圏が投入した人型特殊機動兵器「AMAIM（アメイン）」が闊歩する最前線と化していた。
そんな中、オセアニア連合支配下に暮らす機械好きの少年・椎葉アモウは、AMAIMの残骸から廃パーツを集め、山中の廃工場で発見したAMAIM「ケンブ」を密かに整備していた。ある日、山中で自律思考型AI「I-LeS（アイレス）」のガイと出会い、彼を救ったことが運命を変える。
その後、アモウがAMAIMのパーツを漁っていたところをオセアニア連合の軍に見つかり、テロリストの疑いをかけられてしまう。窮地に陥ったアモウは、ガイの助けを借りてケンブに搭乗し、逃走の末にレジスタンス組織「八咫烏」と合流。ケンブと同じく自律型AIを搭載したAMAIM「MAILeS（メイレス）」を駆る鉄塚ガシン、紫々部シオンたちと共に、日本を取り戻すため戦う決意を固める。
八咫烏に合流した後、アモウはガシンが「ゴースト」と呼ばれる正体不明のAMAIMを追っている理由を知る。ゴーストはかつてガシンの父を殺害しており、ガシンにとって因縁の存在だった。
やがてゴーストが姿を現し、八咫烏は苦戦しながらもなんとか撃退に成功する。しかし、ゴーストは自己修復と進化を遂げ、今度は北米同盟のブラッド・ワット率いる部隊と交戦。隊員の一人を殺害し、隠岐の島へと逃走する。
復讐心に燃えるブラッドは、八咫烏とゴーストを再び戦わせることで捕獲を狙い、観光客を装ってアモウたちに接触。ゴーストが隠岐の島にいるという情報を意図的にリークする。アモウ、ガシン、シオンはその情報を元に隠岐の島へ向かい、ゴーストの弱点を突いて撃破することに成功する。
だが、ゴーストの逃走を阻止したアモウは、その爆発に巻き込まれ、生死不明となってしまう。後日、ゴーストの残骸は北米同盟の捜索隊によって回収され、ブラッドは目的を果たしたことに満足しつつ、「次は私がお前を使う番だ」と不敵な笑みを浮かべるのだった。
