時にA.D.2031年。繁栄を続ける人類の前に、「ハーディアン」と呼ばれる未知の変異生物が確認された。それから20年。人類は、その言いし得ぬ脅威に対し結成された国際防衛組織「N.I.D.F.」（Neo International Defence Force）の総司令・燻 京香を中心に、持てる科学力を結集させ、戦闘機NES-1ヴァイパー&NES-2ドルフィンなどの開発をはじめ、人類の英知を結集させた数々の兵器を拡充し、来るべき“その時”に備えていた。
NES機パイロット候補生の哀羽シュウたちは、日々その目撃数が増す変異種の調査、そしてその出現に何らかの関係を持つという遺物「死者の書」の調査を進めていた。そして、科学主任・流姫那由乃の手によって死者の書は発見される。由乃が死者の書を持ち帰還する途中、ついにハーディアンが世界中に出現。東京を始めとした全世界の都市では人類による迎撃が行われていたが、ハーディアンの圧倒的な攻撃力を前に全く歯が立たない状態にあった。
そんな中、由乃は自分を救うために傷ついた哀羽に伝承の遺物「死者の書」の力を与えてしまい、伝承者・哀羽シュウが誕生する。しかし、人類を裏切った総司令・京香によって、科学主任の由乃は行方不明となってしまうのであった。
こうして由乃を探すため、かつての仲間たちと関わりながら、哀羽シュウの長く辛い戦いの旅が始まった。
