幾度となく繰り返された大戦争により、かつて栄華を誇った国々は滅び、大地は瓦礫の山と化した時代。ようやく復興の兆しが見え始めた矢先、「黄化トリニティ」と呼ばれる謎のトリニティが全土に蔓延し、自我を失ったBUGが次々と人々を襲い始めた。残された人々は襲い来るBUGから身を守るため、城塞都市の中での生活を余儀なくされていた。しかし城壁の中では、前領主の死後、領主の童草が傍若無人の限りを尽くしていた。運命に導かれるように、関羽バガンダム、張飛ゴッドガンダムと出会った劉備ユニコーンガンダムは、世界を救うことを決意する。
やがて世界は、三人の若者達の情熱によって、大きく動き始めることとなる。新たな英雄たちが新時代を創り出す!