剣嵜 荘厳編
はるか神話の時代、人が生み出した「文字」と「真理」の間のわずかな乖離から発生した異世界「ロゴスワールド」。それは、現代においてはネット社会の急速な発展により絵文字などの「意味を成さない文字」が増加したことで、その領域を急速に拡大させつつあった。
世界的IT企業・ネスタのCEOである剣嵜 荘厳は、軽薄で無意味な文字が蔓延する現代社会を破壊するため、ロゴスワールドの文字をM.J.B.K.（モジバケ）化させて現実世界の文字を侵食し、それに関連付けられた概念そのものを消滅させる計画を企てる。これに対し、荘厳の元秘書である粗朶 桜子はネスタが開発していたロゴスワールド探索用メカ・ベクターマシンを奪取すると、M.J.B.K.による危機を解決するために設立された機関・ディーバの日本支部総司令となり、「声」が生み出す力「創声力」を持つ若者たちを「創声部」に集めて対抗を試みていた。
創声部の一員である少女・綺声神 心音はある日、超然とした雰囲気を漂わせる少年・灰吹 陽と出会う。自らを「救世主」と名乗る陽は、M.J.B.K.の出現に際してディーバ日本支部に乱入し、ベクター壹号機を何の訓練もなしに乗りこなしたうえ、ネスタの月銀 舞亜が搭乗するベクター貳号機をその強大な創声力で奪取し、アクエリオン・煌への合体を果たしてM.J.B.K.を撃破する。この一件をきっかけに創声部にスカウトされた陽はそれを受諾し、荘厳から陽の監視を命ぜられた舞亜もまた創声部へ加入する。陽の独特の感性と行動に空篠 翼人、土聞 努虫、海凪 花嵐ら創声部の面々は戸惑うが、M.J.B.K.との戦いの中でそれぞれが抱える迷いや苦しみに直面するうち、その声で苦難を乗り越える手助けをしてくれる陽を信頼するようになっていく。また、ネスタの徹底した管理教育で外界を知らずに育った舞亜も、陽や創声部の面々との交流を通して考えを改め、荘厳の計画は間違っているのではないかとの思いを強くしていく。
一方、荘厳の息子である剣嵜 総は、幼馴染であり想いを寄せる相手でもある舞亜を取り戻してもらうよう父に掛け合おうとするが相手にされず、街で偶然出会った桜子の叱咤もあって自分だけの力で舞亜を取り戻すことを決意する。ネスタの林 晋太郎によって改造されたベクター零号機をM.J.B.K.に合体させ、一時はアクエリオン煌を追い詰めるが、陽のすべてを救う強い思いの前に敗北する。また、M.J.B.K.に取り込まれて自滅しかけていたところを救出されて情けをかけられた屈辱もあり、陽に対して強い憎しみを抱くようになる。
やがて文字文化を滅ぼすとされる「大いなる文字」の存在を荘厳や総が感じ取る中、陽と舞亜を引き離したいという思いから総自身が生み出したM.J.B.K.「離」は、ベクター零号機と合体して絶大な力を発揮し、ベクター各機の合体を強制解除させて危機に陥れる。自分を庇った翼人が重傷を負ったことに責任を感じた陽は、仲間をあえて突き離して単身出撃するが苦戦を強いられ、舞亜の助力によって救われる。舞亜が発揮した「合」の創声力によって合体を成功させた陽と舞亜は「離」を倒すが、世界に絶望した総によって「離」は大いなる文字たる「無」と化し、文字を喰らい尽くして世界からあらゆる物体の概念を奪っていく。計画の成就を確信した荘厳が姿を現し、世界の要となる「世」の文字を死守する陽と舞亜が苦境に立たされる中、昏睡状態から目覚めた翼人は暗黒に包まれた世界の中で途方に暮れる仲間たちを励まし、再起させる。陽は駆けつけた仲間たちと共に「救世主」となって「無」を倒し、世界の崩壊を防ぐ。「無」の崩壊に巻き込まれて荘厳と総が姿を消す中、陽と舞亜は遅れてディーバ日本支部への帰還を果たし、仲間たちに温かく迎えられるのであった。
剣嵜 総編
陽たちが荘厳を倒した後も、M.J.B.Kの出現は続いていた。M.J.B.K「死」の暴走による再生M.J.B.Kの発生に対処すべくロゴスワールドへ向かう陽と舞亜の前に、アクエリオン傷を駆る総が現れる。荘厳の最期の力によってM.J.B.K「無」の崩壊から生還した総は、全てを失った自分にただ一つ残された「陽を倒す」という目的のために己を鍛え上げ、謎の存在ネスタの支援のもと自らを創声の書として扱う術を身につけて戦場に舞い戻ってきたのだった。
己の掲げる「救世主」という題目に理由がないこと、それゆえに自分が常に救う対象と倒すべき敵を求めていることを総に指摘された陽はM.J.B.K「敵」の影響により暴走し、ディーバサイゴン基地に封印されていた禁断の機体ベクター餓号機を目覚めさせる。暴走は舞亜の挺身によって回復し、餓号機は壹号機に代わる陽の新たな乗機となるが、概念を喰らう存在である餓号機は陽の存在さえも喰らい尽くそうとしていた。それに気付いた舞亜は陽を救う術を求めて単身ネスタタワーに潜入するが、そこで総とネスタから自身の正体がロゴスワールドから総が生み出したネスタの複製品であることを知らされる。舞亜は絶望と悲嘆に暮れながらも戦いを終わらせて陽を守るため自らにネスタを憑依させ、陽に自分ごとネスタを殺すよう促す。しかし陽はこれを果たせず、舞亜は総に連れ去られる。総の策略によって特殊部隊に銃撃された努虫が戦死したことも相俟って、陽は完全に自信を失い、その存在も加速度的に周囲から忘れ去られていく。
陽の存在を忘れてもなお彼への思慕を抱き続ける舞亜を見た総は、装置を使ってかつて荘厳によって改竄された舞亜の記憶を蘇らせる。それにより幼少期の自分を救ったのが陽だったことを思い出した舞亜は彼のもとへ帰りたいと願うが、ネスタの代替品としてかつてネスタとその恋人キリュウが操縦していた。
