『マブラヴ オルタネイティヴ』本編が開始される2001年から18年前…1983年のヨーロッパ。ミンスクハイヴにより、東側から押し寄せる膨大な数のBETA群に対し、ヨーロッパ諸国はドイツ民主共和国（通称、東ドイツ）を盾としてBETAの侵攻を押しとどめ、その間に海外への疎開を進めていた。
激戦区である東ドイツは、ポーランド国境のオーデル川とナイセ川の西岸を要塞化し、徴兵年齢を引き下げ、兵力の殆どをBETA戦に投入する事で、BETAの激しい攻勢を凌ぎ、辛うじて国土を防衛していた。更に、東ドイツの秘密警察組織国家保安省（シュタージ）は国民の10人に1人と言われるほど多くの密告者を配置し、国内を徹底的に監視する事で国民の言論の弾圧・反乱分子の摘発を行い、密告される恐怖により国民同士を疑心暗鬼に陥らせる事で国内を統制していた。その監視対象には東ドイツ軍すらも含まれていた。
東ドイツ陸軍に所属する戦術機部隊第666戦術機中隊"黒の宣告"（シュヴァルツェスマーケン）は、東ドイツ軍最多のBETA撃墜数を誇っていることから、東ドイツ最強の戦術機中隊と謳われていた。その一方、味方の支援要請を無視し、自らの任務達成のみを優先する事から、自軍の兵士からは「死神中隊」「選別中隊」などと揶揄されていた。中隊に所属するテオドール・エーベルバッハ少尉は、過去のトラウマから自分以外の何者をも信用せず、ただ己の生存の為だけに戦い、国家保安省の影に怯える日々を過ごしていた。そんなある日、テオドールが中隊長のアイリスディーナ・ベルンハルト大尉と共に、戦場で孤立していた西ドイツ軍の少女、カティア・ヴァルトハイムを救出した事から物語は始まる。
