10年前、東京に異空間「無明領域」が出現した。空間内部ではあらゆる物質が黒い結晶「屍鋼」（シバガネ）と化し、空間近辺では全体が屍鋼で構成される活動体「イマシメ」が目撃されるようになった。無明領域による災害からの復興を目的とする企業「イクス」は、イマシメに対抗手段するため次世代型可動肢重機「マヴェス」を開発する。
マヴェスのパイロット候補生として、鷺沼アカシ、破先エミル、出羽ササメ、波戸イワト、霞ライカ、真木ミナシ、弓月マアム、伊削ヘイトらが招集され、チーム「ガルグイユ」の構成員として訓練を行う。訓練中に現れたイマシメを倒したアカシ達は、聴けば9日以内に死ぬという無明領域の番人「躯」（ムクロ）の唄を聴き、噂の通りアカシ達と共に唄を聴いていたアカシ達の教官が死亡する。
「教官、そしてエミルが被害者となり、死神なら躯を倒せるという伝説が囁かれるようになる」という内容のマアムが書いていた小説を見つけ出したエミルは、「死神」とは何かマアムに問う。マアムによれば、ある病院で死んだ人の霊が集まったヴェスが地下に封印されており、それが死神であるという噂が流れたことがあったという。エミルとヘイトが病院の地下に向かうと、マヴェス「アージェント」があった。乗り込んだヘイトの意志と関係なくアージェントは自分で動き出すが、アカシが乗り込むと停止する。
その翌日、派遣されてきた須崎自衛官の元、ガルグイユのパイロット候補生の無人島訓練が行われる。バラバラに空挺降下後に全候補生が集結し通信機を起動させるというものだったが、各候補生は突如誰かに呼ばれるような感覚を覚え、その結果難なく全候補生が集合する結果に至る。それは誰もが、幼いころに無明領域に全員いたというイメージであったが、それに関する前後記憶が欠落していた。
