西元2062年，地球因軌道電梯（軌道エレベータ）的所有權問題，分裂為兩大陣營並展開激烈爭鬥。
桂木桂所屬的自由宇宙軍（フリーダム・スペース・コープス），策劃使用最新的D兵器（D兵器）——時空震動彈，執行破壞軌道電梯能源工廠的作戰行動。
然而，由於敵方陣營的激烈抵抗，部隊被迫撤退。作戰失敗後，軍方下令中止起爆，並銷毀仍處於未調整狀態的時空震動彈。但對此感到憤怒的桂，違抗命令擅自啟動了時空震動彈。
結果，暴走的時空震動彈引發了嚴重的時空錯亂，使整個世界陷入被稱為「相剋界（そうこくかい）」的混亂狀態。各個多元世界相互交錯融合，形成了一個宛如「拼接世界」般的異常時空，這個時代被稱為「混亂時空。
桂也被捲入了時空轉移之中，最終來到了時空震動彈爆發後 20 年的未來——混亂時空世紀20年（即西元2082年）。
桂被艾瑪恩人（エマーン人）的商隊所救，並與他們一同行動。然而，他卻被視為混亂時空修復的關鍵「特異點（特異点）」，成為各大勢力爭奪的目標。
此外，另一名特異點——奧爾森（オルソン），則作為奇拉姆（チラム）的王牌駕駛員，阻擋在桂的面前。
在錯綜複雜的時空交錯之中，桂木桂駕駛著「ORGUSS（オーガス）」，踏上了修復時空的旅程。
