ガニメデ星的謎樣生命體：ヘドロン皇帝，派出「コンギスター軍團」從遙遠的1500光年飛來，對地球展開侵略攻擊，企圖將地球設定為ガニメデ星的第二故鄉。 由於「コンギスター軍團」使用監視衛星測知地球軍原子爐反應，成功癱瘓地球軍兵器。造成短期之內，地球的95％均遭「コンギスター軍團」佔領。 此時地球上唯一能與外星敵軍抗衡的最後希望，只剩下「國際物理祕密研究所」所長敷島正造博士，他以超性能戰鬥機器人「メカンダ」連同殘存的地球軍，對外星侵略軍團展開地球奪回之戰。
