U.C. 0096年—— 一個既不屬於聯邦也不屬於吉翁的非官方傭兵組織「阿爾傑特·基爾」（アージェント・キール）接下了暗殺聯邦高官阿薩米·梅吉內（アザミ・メギッネ）的任務。這是聯邦軍的秘密委託，因為阿薩米與吉翁有內通關係，而這一事實無法公諸於世。然而，就在他們準備出擊之前，襲擊他們艦隊的竟然是聯邦軍的傑鋼隊（ジェガン隊）……。 在這混亂不堪的局勢下，「阿爾傑特·基爾」秘密擁有的一台銀色鋼彈悄然被釋放到宇宙中，展開了新的行動。
