故事背景設定在近未來的日本。就讀於立國高中的主角才賀淳貴，因接到父親才賀巧失蹤後遺體被發現的消息，與母親才賀林檎以及妹妹才賀倉夏一同前往位於黑神山遺跡的發現現場。 在遺跡深處，淳貴突然失去意識，並夢見了一尊閃耀著金光的巨人。當他醒來時，手腕上多出了一只刻有神代文字的神祕手環。 正當他還未釐清狀況時，一頭巨獸機突如其來地出現，破壞了水壩，洶湧的濁流將他吞沒，然而一道神秘的光芒在此時包裹住了淳貴。 與此同時，從黑神山深處——那道夢中出現的黃金巨人，也正式現身於世……。
