自稱為「汎銀河統一帝國」的神秘勢力“烏魯加魯”發動襲擊，使地球陷入存亡危機。由基因改造而生、為戰鬥而存在的孩子們——日立出、淺木俊一、釘宮桂、入江環、駿河中和黑木安樹，組成的「Rabbits小隊」駕駛最新銳的戰鬥裝置「AHSMB」迎戰。
在擊破烏魯加魯據點的決戰中獲得勝利，但日立出在戰鬥中身受重傷，陷入昏迷狀態。淺木俊一等人在戰鬥母艦戈迪尼昂上祈願日立出能夠康復。就在此時，擁有烏魯加魯皇族基因的ディオルナ現身，率領殘存部隊進攻地球。
他們的目標是Rabbits小隊母校——古蘭澤雷都市學園地下沉睡的“遺傳基因”。在日立出尚未甦醒之際，淺木俊一決心「為了日立出而戰」。Rabbits小隊和駕駛新型AHSMB的馮（フォーン）小隊踏上了最後的戰鬥。