在廢物商羅的面前，突然出現了兩台MS。Gale Strike 由身份不明的人物ND-HE駕駛，而與羅的愛機相同的紅色機上，駕駛者竟是應該已經去世的劉的劍術師父蘊·奧。他們對劉的生命構成威脅，於是傭兵部隊Serpent Tail的叢雲劾也趕來支援，戰鬥隨即展開。
另一方面，在宇宙站「天之御柱」監視世界的隆德·米娜·薩哈克（也面對同樣的情景，她已故的弟弟隆德·基那·薩哈克突然現身，米娜決定與這個仍抱持著當年死亡時的世界支配思想的基那對決。地面上的Serpent Tail成員伊萊賈（Elijah）也遭遇了應該已故的朋友古德·維亞（グゥド・ヴェイア），戰鬥一觸即發。
這些自稱為「圖書館員」（Librarian）的神秘組織成員由最高書記官普利亞（プレア）統率。他們擁有將已故之人再現為「碳素人類」（Carbon Human）的技術，並繼承了「一族」的數據，具備控制世界的強大力量。他們的真正目的究竟是什麼……。