在未來，世界因為被稱為「大破壞」的全面戰爭而荒廢，國家和政府都消失了。僅存的少數人類逃往地下都市，並在一個以重返地表為目標的企業聯合體的帶領下，啟動了「百年計劃」。然而，隨著計劃的進展，巨大企業之間的爭鬥日益激烈，這時「烏鴉巢」所屬的烏鴉們開始活躍。主角也是其中一員，但由於過於活躍，導致巨大企業本身的崩潰，結果成為其他烏鴉追捕的異端。在漫長的戰鬥中，他最終觸及到了烏鴉巢的中樞。
這場從地球曆156年持續30年的巨大企業間的爭鬥，後來被稱為「大深度戰爭」。