海堂祐司在極東方面的睡眠者回收部隊「格蘭澤爾」隊的裝甲突擊駕駛員馬琳·安傑爾的解釋下，對這變化的世界感到震驚。當海堂說寧願死去也不願面對這樣的世界時，馬琳冷淡地回應，她的任務是將睡眠者送往第二地球，任務結束後即使死去也無所謂。
途中前往海上基地，卻遭遇BLUE的突襲，大部分隊員死傷，不得不撤退，改為前往俄羅斯的拜科努爾基地。在此過程中，祐司感受到自己的無力，決定參加戰鬥訓練。在馬琳和喬伊·希爾德的指導下，他學會了使用槍械和操作裝甲突擊載具。儘管危險，他們成功到達韓國，那裡祐司遇到自稱為雲的少女及其他生存者。
隨後的BLUE襲擊中，雲和其他生存者被殲滅，隊伍中唯一生還的成員喬伊和隊長羅伯特·布拉德利也戰死。祐司和馬琳兩人繼續前往拜科努爾基地。在旅途中，祐司逐漸了解到馬琳的過去，兩人的關係也漸漸加深。在拜科努爾基地經過一番戰鬥後成功上太空，但在太空梭內受到BLUE的攻擊，祐司受傷。
馬琳因讓祐司參加作戰而被問責，需重新受訓。然而，馬琳擔心祐司的安危，逃出訓練設施，並在醫療站與祐司重聚。在那裡，他們被告知睡眠者可能成為消滅BLUE的關鍵。祐司以馬琳作為條件同意合作。
第一次降落行動雖然成功，但祐司的性格因B細胞的異常而變得凶暴，對地上生存者的疏忽導致馬琳的矛盾心情。第二次降落行動中，祐司的情況讓科學家塞諾感到擔憂，他發動政變試圖停止祐司。馬琳最終說服了祐司，使他恢復了理智。
然而回到太空後，他們發現自己的隊友托尼使用BLUE佔領了醫療站。祐司努力阻止托尼和他的同伴阿麗西亞，但他們不聽勸阻。最終醫療站被破壞，雖然消除了威脅，但祐司再次感受到了無法保護同伴的悲傷。
最終，祐司觸及了地球的意志，決定與馬琳一起在地球上生活。
