在前作中逃亡到宇宙的邪惡根源フューラーザタリオン被追擊，V指揮官鋼彈離開了星球。一段短暫的和平之後，某天一個巨大的殖民地墜落於大陸。面對新的MS軍團，星球瞬間被侵略。對抗巨大綜合企業ジオニック・コネクション的壓政，曾經的戰士們在ジオニックシティ各處進行了抵抗運動。
