這是一個關於友情、背叛、科學狂熱與毀滅力量的濃烈科幻悲劇。
故事發生在絕海孤島上建立的軍事複合研究設施「サンサーラ（Samsara）」。主角タクヤ在收到多年未見的摯友ハルカ寄來的求救信後，再次踏上了這座曾發生過悲劇事件的島嶼。
島上的景象已物是人非，曾是戀人的リーズ如今與ハルカ交往；三年前命令他與ハルカ執行危險任務、導致兩人險些喪命的男人——ガルン，如今竟成了サンサーラ的所長。當年，他們為回收從天空裂縫中出現的神祕異物樣本而幾乎喪命，而當時強行下令回收的正是ガルン。
ハルカ對タクヤ的來訪表現出欣喜，但卻否認自己曾寫信給他。タクヤ察覺到某種異樣，尤其在從過去與ハルカ交往過的電腦技師ルイ口中得知，ハルカ近來的行為越發詭異。當夜的某個設施發生神秘毀滅，タクヤ在殘骸中發現了與三年前樣本相似的破損岩塊。他開始調查相關資料，卻發現一切關於マルーダ粒子與實驗的資料全被ガルン以所長權限封鎖，連樣本也被ハルカ私自帶走。
在ルイ的協助下，タクヤ潛入所長室，查閱到ハルカ的研究影像：她提出假說，三年前的物體來自異次元，所謂的「マルーダ粒子」本質上具有穿越次元的性質，可透過粒子束開啟異界之門。資料外洩後，ハルカ現身，神情截然不同於過去的溫和形象，怒不可遏。
翌日，軍方因連日異常現象決定強行接管研究所。ガルン向タクヤ透露，自己與ハルカ已成功開發「次元轉移砲」，並多次從異次元召回神秘物體，準備進行下一階段的實驗。タクヤ試圖阻止這場可能毀滅世界的實驗，卻被逐出研究所。就在他返回住宿時，收到來自ハルカ的神祕聯繫。
他依指示前往某座秘密設施，卻看見面目全非的ハルカ與已成屍體的ルイ。ハルカ坦承自己已成功啟動異界之門，並將異次元的物體與次元砲融合，產生名為「怒鬼」的存在——來自亜空間、擁有絕對破壞之意志的究極生命。這股力量逐步侵蝕了她的心靈與理智。
駐留軍趕來試圖拘捕她，但哈爾卡已無法回頭，與「怒鬼」融合，喚醒了這頭沉眠於設施深處的大魔獸，並吸取全島能量啟動暴走。島上建築、街道迅速崩毀，連リーズ也被吞噬。目睹一切的タクヤ震撼與悲痛之餘，下定決心與之對抗。
三年前他們採集樣本的海域，是故事的起點。在那裡，哈爾卡曾預留了可用來對抗「怒鬼」的存在——另一體從異界召回的巨大機體「鋼」。タクヤ乘坐搭載的作業用強化裝備，深入海底並將樣本嵌入沉眠中的物體，使其覺醒，融合成新的戰鬥兵器「鋼」。
此時，駐留軍因事態失控而猶豫不決。為保自身，ガルン謊稱災變為外國陰謀，說服上層從衛星發射「マルーダビーム」轟炸サンサーラ。但即使在如此毀滅性的攻擊中，「怒鬼」不僅毫髮無損，還吸收能量反向攻擊軍艦，將整支艦隊連同ガルン一同殲滅。
荒蕪焦土之上，孤高佇立的「怒鬼」迎來了從海上歸來的「鋼」。タクヤ雖努力操縱它，卻屢屢被「怒鬼」壓制。當他終於有機會擊倒「怒鬼」時，卻因不願殺害ハルカ而猶豫，反被對方反擊並被拖入異次元空間。
在異界中，ハルカ殘存的意識透過聲音呼喚他。那聲音成為喚醒「鋼」潛能的關鍵，タクヤ終於重新回歸現世，展開最終決戰。
這次，他毫不猶豫地向「怒鬼」的頭部——亦即ハルカ所在之處——送出致命一擊。瀕死之際，ハルカ以平靜的聲音呢喃著他的名字，感謝他將自己從毀滅之力的枷鎖中解救出來。失去中樞的「怒鬼」爆發出劇烈能量後徹底崩解，而「鋼」也隨之消失在能量浪潮中。
最終，曾經名為サンサーラ的島嶼完全沉沒，連其存在的痕跡也不復見。但在這片滅絕一切的終焉中，唯一殘留下來的，是那位為了拯救摯友、親手將她送往安息的男子的身影。
