故事主角夏目智春在三年前空難意外倖存後，開始被自稱守護靈的青梅竹馬水無神操緒依憑，在高中開學前搬進了其兄長夏目直貴曾居住過的鬧鬼房屋鳴櫻邸，同日，穿著黑色服裝的美女黑崎朱浬受其兄長之託將銀色手提箱交給了夏目智春，並喚醒了名為「機巧魔神」的謎之兵器。被下達了必須運用兵器拯救世界的智春，卻又遇上了自稱惡魔的巫女，還有同樣被幽靈纏上的學生會長等人，作品就以這些人為中心展開。
機體介紹
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- 駕駛: 夏目智春
- 漆黒的魔神，在機巧魔神中以高性能為自豪。 其能力「黒之拳撃」，可以產生出高重力能源球用作攻擊，及歪曲空間構成防禦壁來防禦。正體為黑洞的生成及操作，擁有凌駕光速，核心為無限重力之狀態，改變時間流動的能力(根據與薔薇輝一戰中在時間停止狀態中仍能活動來推斷)。 召喚語為「來吧，黑鐵！」（来い、黑鐡!） 咒文為「「出自比黑暗更為黯淡的深淵－其為、科學之光所投下之影！」（闇より暗き深淵より出でし―其（そ）は、科学の光が落とす影!）
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