1993年，在東京塔的社會科見學中，三名中學二年級的少女，獅堂光、龍咲海、鳳凰寺風，偶然相遇。透過窗外，在耀眼的光芒中浮現的神秘少女的幻影，讓這三人隨後被召喚到一個異世界「瑟費洛」。在那裡，他們在導師克雷夫的引導下，踏上了作為「魔法騎士」的旅程，目的是拯救瑟費洛。
由於神官查凱多捉住了瑟費洛的核心「柱」翡翠公主，使得瑟費洛變成了充滿危險且魔物橫行的世界。為了打敗查凱多，拯救翡翠公主，魔法騎士需要獲得由傳說中的礦石艾斯庫德製成的武器，並喚醒各地神殿中沉睡的魔神。在克雷夫的指引下，她們首次與創師普雷塞亞會面，並在謎樣生物莫科娜的引導下穿越了寂靜之森。在森林中遇到了劍士費里奧的幫助下，三人越過了森林，克服了在傳說之泉艾特納面臨的考驗，獲得了武器。然後，她們跟隨莫科娜的引導，前往魔神沉睡的神殿。 在擊退查凱多手下的同時，通過克服種種困難，她們讓武器和防具不斷成長，最終獲得了魔法騎士的魔神。
然而，當她們擊敗查凱多時，翡翠公主突然變得狂暴，召喚魔神，對著使查凱多死去的魔法騎士發起攻擊，同時發出對她們的怨嗟之語。在三人的困惑中，她留下微弱的思念，向她們呼喚，並在訴說自己的死亡之際，向三人透露了魔法騎士的真相。 瑟費洛荒廢的原因是因為世界的柱，即翡翠公主愛上了查凱多，無法再為世界和眾生祈福。這裡的「柱」既不能自行死去，也不能被世界的居民所殺。而從外界召喚而來的魔法騎士，正是唯一能夠殺死「柱」的存在。換言之，魔法騎士的真正使命是擊敗已無法履行保護世界職責的「柱」，而光等人被召喚到這個世界，是為了實現翡翠公主渴望避免世界崩潰的願望，即願意接受死亡。
在憎恨中祈求著瑟費洛毀滅之前，翡翠公主懇求自己被殺死。魔法騎士們在被揭示的殘酷真相面前感到迷惘和猶豫。最終，三人合體魔神，擊敗了因失去查凱多而轉變為復仇者的翡翠公主，實現了她悲傷的願望。然後，帶著悲傷返回原來的世界。
