ハーロック（S-00999）、大山トチロー（S-00998）以及エメラルダス（X-00001）是從被侵略者伊爾米達斯佔領的地球逃離的。他們乘坐著阿爾卡迪亞號，作為代號SSX的指名通緝犯，在伊爾米達斯軍隊的追擊下，與其他盟友如拉·米美等外星人一起尋找位於宇宙某處的理想國「阿爾卡迪亞」。在這場戰鬥中，地球的少年物野正和少女レビ、有紀螢，以及船醫蛮醫生加入了他們的隊伍。
另一方面，伊爾米達斯地球占領軍命令年輕天才科學家Mr. Zone對阿爾卡迪亞號進行分析和調查，以建造超越阿爾卡迪亞號的艦艇。於是，Mr. Zone也踏上了通往宇宙的旅程，目標是阿爾卡迪亞。