U.C.0153年，來自Side 2的「贊斯卡爾（ザンスカール帝國）」發動戰爭。在Side 3，曾經作為吉翁公國首都「茲姆巿（ズム・シティ）」的「慕佐（ムンゾ）」居住著一位熱愛MS的高中生——馮特．波（フォント・ボー），他在網路上閒逛時，意外發現了贊斯卡爾帝國的精神感應兵器「天使之輪（エンジェル・ハイロゥ）」的機密情報，因而成為帝國的追捕對象。
就在這時，出現在馮特面前的是，一位懷抱兔子玩偶、名叫貝兒（ベル）的神祕少女、自稱是卡堤斯·洛斯可（カーティス・ロスコ）的盲眼男子，以及理應已全數損失、現存機體為零的「骷髏鋼彈（クロスボーン・ガンダム）」。
卡堤斯·洛斯可是「神之雷計畫」失敗後，帝制崩壞、轉為共和制的木星政權中，由父親格拉克斯（クラックス）的遺產繼承者、並由提提妮絲（テテニス）擔任當主的「朱彼特財團（ユピテル財団）」旗下特殊部隊「蛇之足（蛇の足）」的隊長；而貝兒則是提提妮絲的獨生女。隨後，馮特投身於脫離木星共和國總部意志、自稱為「海賊軍」活動的朱彼特財團行動當中。
隨著宇宙細菌兵器「天使呼喚（エンジェル・コール）」成為各方爭奪的焦點，「海賊軍」、贊斯卡爾帝國、木星的鷹派獨立部隊「馬戲團（サーカス）」、以及神聖軍事同盟（リガ・ミリティア）等勢力捲入，展開錯綜複雜的攻防與情報戰。在這樣的局勢之中，馮特也逐漸開花出一種與傳統所稱的「新人類」不同，憑藉豐富知識與超越常人的計算能力，發展出獨特的MS駕駛技術。
