10年前，東京出現了一個異空間「無明領域」。在這個空間內，所有物質都變成了黑色結晶「屍鋼」（シバガネ），而在空間附近，開始出現由屍鋼構成的活動體「戒者」。為了從無明領域帶來的災害中復興，企業「IX」開發了次世代型可動肢重機「MA-Vess（マヴェス）」來對抗戒者。
作為マヴェス的駕駛員候補生，鷺沼赤司、破先艾米露、出羽篠目、波戸岩人、霞來夏、真木皆志、弓月真亞夢、伊削兵斗等人被招募，並作為「Gargouille(ガルグイユ)」小隊的成員進行訓練。在訓練期間，赤司人擊敗了現身的戒者，但也聽到了無明領域的守護者「躯」（ムクロ）的歌聲，據說聽到這首歌的人會在9天內死亡。正如傳言所說，與赤司等人一起聽到歌聲的教官在數日後死去。
「教官，還有エミル成為受害者，據說只有打倒躯的死神才能拯救大家」這是真亞夢小說中所寫的內容。艾米露讀到這段小說後，詢問真亞夢何為「死神」。根據真亞夢所述，有傳言說在某醫院裡，集聚了死者靈魂的Vess（ヴェス）被封印在地下，那便是死神。艾米露和兵斗前往醫院的地下室，發現了MA-Vess「銀（アージェント）」。兵斗進入後，銀自行啟動，但當赤司進入時則停止運作。
第二天，在須崎自衛官的指導下，Gargouille小隊的駕駛員候補生進行無人島訓練。訓練內容為在分散空降後集合，並啟動通信器。然而，各候補生都感受到了一種被呼喚的感覺，結果所有人輕鬆地集合到一起。他們都有一種印象，認為自己小時候曾身處無明領域，但關於此事的具體記憶都已消失。
