十二年前，位於利姆加爾德王國（リムガルド王国 ）發生了一起日後被稱為「利姆加爾德殞落（リムガルド・フォール）」的重大事件。雖然來自世界各地的救援隊紛紛趕往現場，但抵達後所見的，卻是一座完全沒有生命跡象的無人都市。
時間流轉至現今。在艾納斯特利亞皇國（エナストリア皇国）裡，有兩位少女──羽依（ユイ）與蕾娜（レナ），共同住在同一個家中，過著平靜的日常生活。
某天，蕾娜看到一名叫凱伊（ケイ）的少女後，被對方約到碼頭，卻遭到一名代表她前來的男子挑戰。男子駕駛著名為「雷加利亞齒機（レガリア・ギア）」的機器人向蕾娜攻擊，而蕾娜也將自身變形成機器人。其實她真正的身份並非人類，而是名為「亞雷庫托（アレクト ）」的「雷加利亞核心（レガリア）」。
蕾娜在戰鬥中節節敗退，但當尋找她的羽依趕到現場後，蕾娜讓羽依搭乘進入自己體內，兩人隨即展開猛烈反擊，最終取得勝利。
騷動落幕後，羽依在艾納斯特利亞國民面前召開記者會，公開自己的真實身份──「羽依希爾·埃斯托利亞（ユインシエル・アステリア ）」，艾納斯特利亞皇國年輕的女皇。而她所想守護的少女──「蕾娜·埃斯托利亞（レナ・アステリア）」。
兩人的故事，就此正式展開。
