2016年，日本富山縣的立山由聯合國主導建立了「國際聯合黑部研究所」，研究過去在當地發掘的被稱為「遺跡」的物品，並進行人型機動兵器「Geoframe」的實驗。
某個夏日，研究所所長的女兒白羽由希奈為了將母親遺忘的手機送回，和朋友荻布美夏一同前往研究所。然而，突然出現的謎之飛行物體墜落在富山周邊。墜落地點出現了大量機器人並襲擊了研究所。在守備隊迎擊敵人時，由希奈觸碰到了遺跡「The Cube」，一名裸身男子從中飛出，稱她為公主並迎戰敵人。
那名男子將由希奈誤認為他過去的公主雪姬，自稱青馬劍之介時貞。他表示自己來自約450年前的戰國時代。當劍之介與由希奈搭乘後，遺跡「黑骸」突然啟動並擊退敵人。劍之介隨後被研究所的人拘留，進行調查。
劍之介無法相信現在的世界與他所在的時代相隔遙遠，陷入混亂。由希奈對劍之介的身世半信半疑，但研究所認為他並非危險人物，給他戴上項圈型電擊器後將他釋放。他便開始在由希奈伯父家生活，並轉入她就讀的「立山國際高中」成為同班同學。
同時，一艘巨大的宇宙船停留在地球的衛星軌道上，不斷向世界各地投放機動兵器。由於生物認證只能讓劍之介和由希奈啟動黑骸，他們被任命為研究所的軍屬力量，與高中同學蘇菲·諾艾爾及研究所的夥伴們一起，開始了對抗劍之介口中的「鬼」之謎的敵人的戰鬥日常。
